Le SAFSL est responsable de la préparation, de la programmation et de l’exécution du budget ainsi que du suivi du plan de relance. Il prépare et met en œuvre la réglementation comptable et organise le contrôle interne. Il prépare les mesures fiscales. Il suit les moyens de fonctionnement et les comptes des opérateurs de l’Etat (hors secteur enseignement et recherche).

Il est également en charge de la logistique de l’administration centrale et anime l’action des services déconcentrés. Il est responsable de la commande publique. Il définit la politique immobilière, programme les implantations pour l’ensemble des services et conduit les opérations de l’administration centrale.

En liaison avec le ministère chargé du travail, le SAFSL élabore la législation du travail dans le secteur agricole, agroalimentaire et forestier et veille à son application. Il supervise la politique de prévention des risques professionnels des salariés et exploitants agricoles. Il élabore la législation relative à la protection sociale des salariés et exploitants agricoles et en prépare le financement. Il assure la tutelle sur les organismes de mutualité sociale agricole.