Le secrétaire général, assisté d’un secrétaire général adjoint, dirige les services du secrétariat général (850 personnes) et en pilote les activités.
Il coordonne l’action des services du ministère et l’exercice de la tutelle sur ses opérateurs. En lien avec les directions sectorielles, il élabore les positions ministérielles dans les chantiers interministériels transverses. Il assure la fluidité des échanges avec les autres ministères, notamment du périmètre de l’administration territoriale de l’Etat. Il participe au comité des secrétaires généraux. Il alloue les moyens et fournit l’expertise nécessaires au bon fonctionnement des services : budget, ressources humaines, affaires juridiques, communication, numérique, immobilier, logistique. Il anime le dialogue social. Il est en charge de la production statistique, ainsi que de la protection sociale et du droit du travail dans les secteurs agricole, agroalimentaire et forestier.

Il pilote les chantiers de transformation de l’action publique, qui portent notamment sur :
• Les missions et l’organisation des services ;
• L’amélioration du service rendu à l’usager (simplification, qualité, accessibilité handicap…)
• La fonction publique ;
• La haute fonction publique et la place des grands corps scientifiques et techniques ;
• La rénovation de la fonction ressources humaines, vers plus de déconcentration et d’anticipation des besoins ;
• La pleine utilisation des possibilités offertes par le numérique et la priorisation des besoins ;
• La qualité de vie au travail (modalités de travail, immobilier…).