Le sous-directeur de la santé et de la protection des végétaux est responsable de l'élaboration des politiques de surveillance, prévention et lutte contre les organismes réglementés nuisibles aux végétaux, de la surveillance de l'état sanitaire des forêts, de la mise sur le marché des semences et plants, de l'élaboration et du contrôle de la réglementation de la mise sur le marché et de l'utilisation des produits phytopharmaceutiques, des matières fertilisantes et supports de culture. Il assure également la fonction de chef des services phytosanitaires aux niveaux UE et international (COPH).

La sous-direction est composée de 35 agents répartis au sein de 3 bureaux et du département de santé des forêts. Un réseau de 17 experts lui est rattaché. 

Le champ relationnel du poste est large et comprend, outre les contacts avec les services déconcentrés du MAA (DRAAF-SRAL) et au sein de la direction générale, une vaste palette d’acteurs aux niveaux national, UE et international.