Le sous-directeur est chargé de la définition et du pilotage des politiques publiques qui concourent, en accompagnant l'évolution des systèmes productifs dans une approche globale de la santé humaine, animale, végétale et environnementale, à une alimentation plus sûre, saine, durable et de qualité, accessible à tous.

Il a autorité sur trois bureaux. Le bureau de la politique de l'alimentation contribue à la conception, à l'animation et à l'évaluation de la politique de l'alimentation (programme national pour l’alimentation). Le bureau de la transition pour une production agricole durable est chargé des politiques incitatives relatives aux modes de production (en particulier les plans Ecophyto et Ecoantibio). Le bureau de l'appui aux politiques incitatives assure une coordination sur les enjeux transversaux (réglementation européenne, aides d' État, différents plans interministériels (plan national santé environnement notamment), recherche et innovation.

Le titulaire du poste a un champ relationnel particulièrement large, au sein de l'administration et avec les parties prenantes.