La direction des affaires juridiques (DAJ) exerce une fonction de conception, de conseil, d'expertise et d'assistance auprès de l'administration centrale du ministère, des services déconcentrés et des établissements publics placés sous la tutelle du ministre et traite le contentieux entrant dans le champ de compétence du ministère.

Au sein de la direction, la sous-direction du droit des politiques agricoles, composée de trois bureaux et qui comprend une quinzaine d'agents, traite les questions juridiques concernant :

1. La politique agricole commune (PAC) et la politique commune de la pêche et l'organisation des professions et interprofessions agricoles ;
2. La santé et la protection des animaux et des végétaux et la qualité et la sécurité sanitaire des aliments ;
3. L'exploitation agricole, le foncier agricole, la réglementation des bois et forêts, et le droit de l'environnement appliqué à l'agriculture.

Sous l'autorité du directeur des affaires juridiques, le sous-directeur du droit des politiques agricoles dirige et anime l'activité des bureaux. Il est membre du comité de direction et est assisté d'un adjoint.