La direction des affaires juridiques exerce une fonction de conception, de conseil, d'expertise et d'assistance auprès de l'administration centrale du ministère, des services déconcentrés et des établissements publics placés sous la tutelle du ministre et traite le contentieux entrant dans le champ de compétence du ministère.

Au sein de la direction, la sous-direction du droit public général, composée de trois bureaux et qui comprend une quinzaine d’agents, traite les questions juridiques concernant :

1. Le droit de la fonction publique, l'organisation des services et établissements publics relevant du ministère, le régime du travail et de la protection sociale agricoles, l'enseignement agricole, la formation et la recherche, ainsi que l'organisation des professions réglementées ;
2. Le droit public économique (fiscalité, contrats publics, concurrence, aides d'Etat…) et le droit des finances publiques ;
3. Le droit européen et international (expertise et suivi des contentieux européens dans le champ de compétence du ministère, relations avec le secrétariat général des affaires européennes).

Sous l'autorité du directeur des affaires juridiques, le sous-directeur du droit public général dirige et anime l'activité des bureaux. Il est membre du comité de direction et est assisté d'un adjoint.