La sous-direction, composée de 4 bureaux, est chargée de l'élaboration, du suivi, du contrôle et de l'évaluation des politiques publiques relatives aux mesures de surveillance, de prévention et de lutte contre les dangers sanitaires et les zoonoses en élevage, à la traçabilité des animaux sur le territoire national et européen, au bien-être animal, à l'alimentation animale, aux sous-produits animaux,  à la pharmacie vétérinaire et à l'exercice de la profession vétérinaire.

Ces actions s'inscrivent dans un contexte de réforme de la prévention et de la lutte contre les dangers sanitaires dans une approche globale de la santé humaine, animale, végétale et environnementale. Elle intervient également dans le cadre de gestion de crise sanitaire.

Le titulaire du poste a un champ relationnel particulièrement large au sein de l'administration, avec les agences d'évaluation, les fédérations professionnelles, les représentants de la société civile et les partenaires de l'Union européenne.